花粉症は花粉をアレルゲン（抗原）とするアレルギー反応です。
免疫細胞の一つであるリンパ球は、大きくTh1リンパ球（以下、Th1）とTh2リンパ球（以下、Th2）に分かれます。それぞれ役割が違っていて、Th1は主にウイルスや細菌などに対してはたらき、Th2は食物や花粉などに対してはたらきます。つまり、アレルギー反応を起こすのはTh2ということになります。
この2つのリンパ球はシーソーのような関係で、Th1が多いとTh2が少なく、Th2が多いとTh1は少なくなることがわかっています。花粉症などのアレルギーが起きるときは両者のバランスが崩れてTh2が増えます。どうしてバランスが崩れるのか、その原因はよく分かっていませんが、ストレスや食生活の乱れなどライフスタイルが影響を及ぼしている可能性は高いと言われています。

アレルギーが起こるメカニズムついては次のとおりになります。
Th2は花粉やハウスダスト、ダニなどのアレルゲンを察知すると、その情報をさまざまな化学伝達物質を蓄えている肥満細胞に伝えます。情報を受け取った肥満細胞はヒスタミンやロイコトリエンという化学伝達物質を放出します。このヒスタミンやロイコトリエンが鼻や目の知覚神経で働くと、花粉症特有のさまざまな症状が起こってくるのです（表）。

花粉症の治療で何より大切なのは、花粉にあたらない（曝露しない）ことです。それでも症状が改善されない場合は、薬物治療などが行われます。
薬で現在、一般的に用いられるのは、抗ヒスタミン剤や抗アレルギー薬です。いずれも肥満細胞から放出されるヒスタミンをブロックする薬です。この薬はヒスタミンが起こす症状、鼻水、涙目、目のかゆみ、くしゃみなどに対して有効です。鼻づまりに関しては、今のところ副作用なく強力にロイコトリエンをブロックする内服薬はなく、現段階ではTh2を抑えるステロイド薬の服用や、細菌の感染を防いで症状の悪化を防ぐ抗菌薬の長期投与などが試みられています。
抗ヒスタミン剤や抗アレルギー薬の問題点は、ご存じのとおり「眠くなりやすい」ということです。ヒスタミンはアレルギー症状を起こすだけでなく、脳を活性化させるという大切な働きもあわせ持っています。したがって薬でヒスタミンをブロックしてしまうと、脳の覚醒レベルが下がってしまい、眠気やだるさが出てくるのです。最近では脳に薬剤が入りにくいように作られた新しいタイプの抗ヒスタミン剤も登場しましたが、それでも眠くなってしまう人もいるようです。
薬物治療のほかには、レーザー治療（レーザーで鼻の粘膜を焼く）、減感作療法（アレルゲンを少量ずつ体に入れてアレルギーを起こしにくくする）なども行われています。